مهم‌ترین محورهای پژوهشی گروه مهندسی بهداشت محیط شامل:
- حفظ و ارتقای سلامت انسان و محیط‌زیست
- شناسايی و كنترل عوامل آلاينده محيطی مؤثر بر سلامتی و زندگی انسان
- شناخت و ارتباط بين عوامل محيطی و بيماری‌ها
- كليه مسائل بهداشت محيطي(آب، فاضلاب، مواد زائد جامد، هوا، مواد غذايی و...)